探針設計的關鍵在于熒光基團與淬滅基團的選擇：
a. 根據熒光定量PCR儀選擇適配的熒光基團；
b. 根據熒光基團的種類選擇合適的淬滅基團進行搭配。
Taqman探針包括四種可選擇的淬滅基團：BHQ系列、MGB、TAMRA和Eclipse。
BHQ系列
BHQ系列包括BHQ-0（430-520 nm）、BHQ-1（480-580 nm）、BHQ-2（550-650 nm）、BHQ-3（620-730 nm），組合起來的四種BHQ染料吸收光譜覆蓋430 nm-近紅外，熒光波長落在此范圍內的所有報告基團都可以被淬滅，適用于多重qPCR。
BHQ淬滅劑就像一個黑洞，本身不產生熒光，并且能夠將一定范圍內報告基團發出的熒光信號全部吸收，解決qPCR實驗體系中光污染的問題，通過降低本底信號提高熒光信號的信噪比。
MGB探針
MGB探針是雙標記探針，在TaqMan探針的基礎進行優化改進，其中3’端包含一個能夠插入DNA小溝的結合物（Minor Groove Binder，MGB），可以增加探針的熔解溫度（?提高10℃左右）并穩定探針與靶標的復合物。因此，TaqMan MGB探針明顯短于傳統探針，并且具有更好的檢測特異性。
MGB連接一個不發光的熒光淬滅基團（Non-Fluorescent Quencher, NFQ），通過NFQ基團淬滅另一端熒光報告基團所產生的信號，避免傳統淬滅基團產生的背景，熒光本底信號更低，檢測靈敏度更好。
TAMRA探針
TAMRA是一種可以用作雙標探針及分子信標的3’端和內部淬滅基團（TAMRA-dT）的熒光染料。TAMRA為熒光染料，因為它的熒光特性使淬滅基團和報告基團光譜發生重疊，從而增加背景信號干擾，并且TAMRA探針通常更長（30-40 nt）,不推薦在多重qPCR過程中使用。
Eclipse探針
Eclipse為暗淬滅劑，非熒光染料，其本身不產生熒光，與TAMRA探針相比，本底信號更低，并且Eclipse具有較寬的吸光范圍，適用于多重qPCR反應。
