捕獲探針設(shè)計(jì)
設(shè)計(jì)流程

設(shè)計(jì)優(yōu)勢(shì)
1. 多種識(shí)別方式:bed格式文件,F(xiàn)asta 文件格式,GeneSymbol等;
2. 優(yōu)化的算法:綜合考慮了探針的GC 平衡、特異性、探針之間的二聚體、發(fā)卡結(jié)構(gòu)等。使用更細(xì)的顆粒度尋找最佳探針?lè)桨?同時(shí)確保使用更少的探針達(dá)到覆蓋度最大化,減少成本;
3. 靈活的參數(shù)選擇:可選擇1x,2xtiling和overiap等不同的密度模式和不同的參考基因組或者目標(biāo)序列,不僅限于常見(jiàn)模式生物或者人類基因組:根據(jù)序列特異性,極端GC以及結(jié)構(gòu)區(qū)域?qū)μ结橈L(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行分級(jí)等;
4. 多種設(shè)計(jì)方案:不同區(qū)間采用不同的方案,例如:基因區(qū)間和間區(qū)、SNP骨架、MSI采用不同的優(yōu)化算法進(jìn)行設(shè)計(jì);
5. 可持續(xù)性:通過(guò)spike-in 的方式,可以在原有的panel中另外添加探針形成新的panel;
6. 使用靈活、門檻低:smartbaits采用SOL關(guān)系型數(shù)據(jù)庫(kù)后端,以最小化需要高內(nèi)存負(fù)載和大量V0計(jì)算時(shí)間的數(shù)據(jù)文件問(wèn)題。用戶可以快速使用多個(gè)不同的篩選標(biāo)準(zhǔn)重新分析,并最小化使用門檻。
設(shè)計(jì)報(bào)告

捕獲探針設(shè)計(jì)工具鏈接:
性能測(cè)試
1. 百力格SmartBaits設(shè)計(jì)工具,設(shè)計(jì)的panel性能優(yōu)于競(jìng)品Ixx設(shè)計(jì)工具;
2. 競(jìng)品Ixx設(shè)計(jì)的panel基礎(chǔ)上,用SmartBaits專用算法對(duì)未覆蓋的高度重復(fù)困難區(qū)域設(shè)計(jì)探針spike-in,提升覆蓋度&捕獲效率。

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